Během 2. světové války se sestry i nadále s obtížemi mohly věnovat své činnosti. Nejtěžší období nastalo v posledních dvou válečných letech. V roce 1943 musely do kláštera v Rajhradě přijmout asi 120 nemocných z nemocnice Milosrdných bratří v Brně. Sestry pro ně musely obstarávat jídlo a pečovat o ně. Roku 1944 se do kláštera nastěhovaly uniformované složky Wehrmacht a SS.
Když se blížila fronta, vojáci odešli, ale po několika dnech vnikli němečtí důstojníci násilně do kláštera a na věž kostela vyvěsili německé prapory. Rusové se domnívali, že je v klášteře i nadále německé vojsko. Bombardovali klášter po devět dní, což způsobilo poškození téměř všech místností v klášteře, zřícení stropu kostela a požár. Sestry i s chovanci prožili tyto hrůzné dny ve sklepech, které nechala Matka Rosa již před tím předělat na kryty a zásobit nezbytnými potravinami. Matka Rosa dlela ve sklepě nedaleko provizorního oltáře a neustále se modlila. Prožívala velkou úzkost a strach o sestry nejen v Rajhradě, ale na všech filiálkách. Proslýchalo se totiž, jak postupující ruská armáda zachází se ženami, řeholnice nevynímaje. Starost o ně jí přivedla k tomu, že nabídla Pánu Bohu za jejich záchranu svůj život.
Vše nasvědčuje tomu, že Pán Bůh její oběť přijal. Všechny sestry vyvázly zdravé, přesto, že se mnohdy ocitli ve smrtelném nebezpečí – například, když pod palbou hasily hořící klášter. Zdravotní stav Matky Rosy, který už před tím nebyl dobrý, se neustále zhoršoval. V květnu musela ulehnout, po krátkém zotavení se její nemoc zhoršila, a tak v červnu byla převezena do nemocnice v Brně. Ani lékaři již nemohli pomoci, a tak si sestry Matku odvezly do kláštera, aby zemřela doma v Rajhradě. 3. září upadla do agonie. Zemřela 5. září v kruhu svých sester za zpěvu oslavného hymnu Te Deum.